Detective Conan: Full Score of Fear ini memulai kisahnya di sebuah akademi musik terkemuka Doumoto dimana terjadinya sebuah tragedi.

Sebuah bom meledak dan menewaskan dua musisi berbakat ketika mereka sedang berlatih.
Conan, Ran dan timnya diundang untuk menghadiri konser pembukaan balai baru akademi musik tersebut, namun juga untuk menyelidik kasus pembunuhan dua musisi itu.

Tetapi baru saja Conan dan timnya memulai penyelidikan mereka, sebuah bom kembali menelan korban baru. Conan menemukan para korban bom tersebut tampaknya berkaitan dengan sebuah tragedi yang terjadi enam tahun lalu dimana seorang remaja lelaki berbakat tewas dibunuh.